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也管辖部分外交事务。
宣政院是掌管全国佛教事宜和藏族地区的军务事务机构， 1、存在时间不同：理藩院存在于清朝，。
宣政院下设同知、副使、参议金院各二人， 3、机构设置不同：理藩院设六司， ， 2、功能不同：理藩院是清朝统治新疆、回部、西藏等少数民族的最高权力机构，分掌爵禄、朝贡、定界、官制、兵刑、户口、耕牧、赋税、驿站、贸易、宗教等政令，宣政院存在于元朝。